록맨 제로 시리즈의 2번째 작품.

전작의 1년이 지난 후가 배경으로, 레지스탕스의 퇴각을 위해 네오 아르카디아의 미끼가 되어 도망치는 생활 중이던 제로가 복귀한 이후 벌어지는 사건을 다루고 있다.