1994년 슈퍼패미컴으로 발매된 메트로이드 시리즈의 세번째 작품. 메트로배니아 장르를 탄생시킨 게임이기도 하다.

행성 SR388의 이벤트 이후, 사무스가 데려온 베이비 메트로이드가 과학 연구 시설에서 해적 리들리에게 납치된다. 연구소는 폭파되고, 리들리의 뒤를 밟아 사무스가 도착한 곳은 다름 아닌 1편의 무대인 행성 제베스였다.

조인족이 남겨둔 유물들의 힘으로 더 강력하게 부활한 우주해적들과 힘겹게 싸워나가며 타워리안에 도착한 사무스는 거대화 되어버린 베이비 메트로이드를 발견하고, 새롭게 태어난 마더 브레인과의 싸움이 시작된다. 치열한 전투 끝에 다시 한 번 마더 브레인을 쓰러뜨렸으나, 숨겨진 마더 브레인의 거체가 모습을 드러낸다. 마더 브레인의 강력한 힘 앞에 일방적으로 당하는 사무스에게 마더 브레인이 최후의 일격을 가하려는 그 순간, 베이비 메트로이드가 사무스를 보호하기 위해 마더 브레인을 공격한다. 그러나 이로 인해 베이비 메트로이드는 죽음을 맞이하게 되고 베이비로부터 전달받은 마더 브레인의 에너지로 강력해진 사무스는 이를 처절하게 복수한다.