서기 21XX년.

진화한 로봇과 인간이 공존하는 세계.

완전히 인간적 사고를 지닌 "레플리로이드"라 불리는 로봇이 그곳에 있었다.

전자두뇌에 지장을 일으킨 로봇은 이레귤러라 불리며, 그들을 단속하기 위한 레플리로이드는 이레귤러 헌터로 불렸다.

그 임무는 인간 혹은 레플리로이드에게 위해를 가하는 모든 이레귤러를 발견하여 말살하는 것에 있었다.

"록맨 X"란 그 이레귤러 헌터의 일원이었다.

엑스가 소속된 제17부대의 대장 Σ(시그마)는 이레귤러 헌터 중에서도 최강이라 일컬어지며 덤으로 우수한 두뇌의 소유자였다.

어느 날, 그 시그마가 레플리로이드들에게 명령을 내렸다.

「인간을 말살하라! 인간은 우리들의 적이다! 죽여라!!」

이 외침소리에 레플리로이드들은 날뛰기 시작하여 강렬한 반란이 개시되었다.

맞서는 록맨 X. 불가사의한 유대로 맺어진 친구 "ZERO(제로)"도 가담하여 싸움의 볼티지는 단숨에 높아진다.

싸워라, 록맨 X! 시그마의 반란을 용서하지 마라!!