2001년 3월 21일에 게임보이 어드밴스로 발매된 이식작. 게임보이 어드밴스의 런칭 타이틀 중 하나이다. 그래픽부터 메뉴구성등 PC판을 충실하게 이식해 차이점이 거의 없을정도로 똑같다. 게임보이를 들고 다니면서 언제 어디서나 할 수 있다는 것이 이 버전의 큰 장점이라 할 수 있다.

다만 휴대기기의 특성상 가로 7칸과 9칸의 게임모드 밖에 없고 나오는 노래도 두개 밖에 없다는 단점이 있지만, 게임내의 북극스테이지를 9칸버전으로 즐길수 있다는것이 묘미다.

특히 토코톤 드릴러에서는 9999m이상의 깊이 표현을 할수있다는 것이 예상외의 개선점인데, 미스터드릴러 A와 xbox360버전도 같으며 전 시리즈를 통틀어 유일하다. 아래 그림은 치트코드를 이용해 최대치의 깊이를 나타낸것이다.무려 9999만 9999미터까지 표시할수있다. 점수는 999만 9999점까지다.