캡콤의 록맨 X 시리즈 2번째 작품.

전작에서 벌어졌던 시그마의 반란으로 명명되는 사건 이후 6개월, 엑스와 아직 상당수 남아있던 이레귤러 헌터들은 시그마 반란군의 잔당을 처리하고 있었다. 그러던 중 이레귤러 공장이 있다는 소식을 들은 엑스와 헌터들이 거기로 향하면서 이야기는 다시 시작된다.