2003년 발매된 GBA용의 세 번째 슈퍼로봇대전. 카가미 슌야가 담당했다. 제목의 D는 '운명'이라는 의미의 영단어 'Destiny'의 약자이다.

처음으로 보너스 포인트(BP), 콤보, 특수 강화 파츠, 스킬파츠, 파츠 매각, 쯔메슈퍼로보, 출격 전 인터미션 창 보기, 마크로스7의 참전으로 인한 노래 시스템, 대화 스킵 등 상당히 다양한 시스템이 도입되었다.