1995년 12월 1일 캡콤이 제작한 록맨 X 시리즈의 세 번째 작품이자 마지막 16비트 록맨 X 시리즈. 준수한 퀄리티지만 이전작들보다는 완성도가 좀 떨어지는 편이다.

레플리로이드 과학자 Dr. 도플러가 이레귤러를 치료하는 새로운 백신을 발견해서 새로운 시대에 돌입하는 듯 하였으나 치료를 받은 레플리로이드들이 한꺼번에 폭주를 시작하고, 도플러 박사가 조종하는 도플러 아미라는 세력이 이레귤러 헌터 본부를 습격하는 것으로 스토리가 시작된다. 에필로그에선 언제까지 싸움이 계속될까 고뇌하는 엑스의 모습을 상당히 암울하게 묘사하고 있다.

시그마의 정체는 일종의 데이터화 되어버린 컴퓨터 바이러스라는 것과, 엔딩에서는 언젠가 엑스가 제로와 싸우게 될 운명이라는 초특급 떡밥이 나온다.