GBA용으로 발매된 2번째 슈퍼로봇대전.

슈퍼로봇대전 R에서의 R은 반전이라는 의미의 영단어, 'Reversal'의 약자이다.

슈퍼로봇대전 R은 '시류엔진'에 의해, 엑서런스 팀이 과거로 날아가게 되면서, 벌어지는 싸움을 담은 내용이다.

주인공 일행이 과거로 가기에, 역습의 샤아와 극장판 나데시코의 스토리가 오히려 초반의 1~3화에 걸쳐서 나오게 되며, 3화 이후에는 타임슬립으로 과거로 건너가, 그 이전의 이야기가 진행된다.

GBA슈로대 최초이자 휴대용 슈로대 최초로 전투신 OFF및 스킵이 지원되며 전작과 마찬가지로 R+A로 대사를 스킵할수 있다. 또한 적 턴에 R을 누르고 있으면 적의 턴이 더 빨리 지나간다.