오프닝 장면은 아돌 크리스틴과 그의 친구인 도기가 앞의 사건(이스 I, II)이 일어난 지 3년 후에 도기의 고향인 레드몬트에 도착한다는 것을 알려준다. 도착하자마자, 그들은 마을 사람들이 발렌스타인 성 사람들에 의해 위협당하는 것을 알아차린다. 언제든 모험 준비가 되어 있는 아돌은 마을 사람들을 도와주기로 결정한다.

이스 III의 시스템은 전편에서 쓰였던 위에서 내려다보는 형식에서 횡스크롤 액션 게임으로 바뀌었다. 전투 방식은 플레이어가 버튼을 눌러 아돌의 검을 휘둘러야 적을 공격할 수 있게 바꾸었다.