1993년 메가 드라이브로 발매. 해외판 타이틀은 Shinobi III Return of the Ninja Master, 1992년의 더 GG 시노비 2에 2라는 넘버링은 빼앗겼는지(혹은 아케이드판 시노비를 1탄으로, 해외판 시노비의 복수를 2탄으로 봐서) 난데없이 3편이 되었다.

전작에서 NEO ZEED를 괴멸시키고 나오코를 구출한 죠 무사시였지만 쓰러뜨린 마스크드 닌자는 카게무샤에 불과했고 NEO ZEED의 암약은 계속되었다. NEO ZEED의 진정한 지배자 섀도우 마스터는 명령을 내렸다. '우리들의 세계 정복을 방해하는 숙적, 죠 무사시를 말살하라!' 신생 NEO ZEED와 죠 무사시의 새로운 싸움이 시작되었다.