1, 2부의 구성으로 되어있으며 1부를 클리어 한 후에 2부를 즐길 수 있다.

X차 시리즈의 마장기신 사이바스터를 떼어낸 스핀오프 작품이기 때문에 X차 시리즈와 스토리가 연계되어 있다.

스토리의 순서는 SFC판의 경우 마장기신 1부->제2차->제3차->EX->제4차->마장기신 2부의 순서로 진행된다. 다만 이 순서대로 한다고 하더라도, 마장기신이 나중에 나왔기 때문에 캐릭터의 성격이 조금 다르다거나, 설정이 맞지 않는다거나 하는 부분은 조금씩 존재한다.