메탈슬러그 시리즈의 3번째 휴대용 게임.

각 미션을 맵에서 골라 시작하는 방식으로 바뀌었다. 한 미션을 클리어하면 다음 미션이 맵에 개방되며, 같은 미션을 여러번 플레이할 수도 있다. 그리고 각 미션 별로 분기점이 많아졌는데, 파이널 미션의 경우 중간보스의 유무가 결정되거나 슬러그의 제공유무가 달라지는 등 굉장히 다양한 분기점이 추가됐다. 그리고 처음 플레이할때는 들어갈 수 없다가 특정 카드를 입수해야 열리는 숨겨진 분기도 있다. 메인 미션의 개수는 5개이며, 카드 수집용 추가미션으로 '던전'이라는 미션이 존재한다.