2002년 게임보이 어드밴스용으로 발매된 메트로이드 시리즈의 네 번째 작품. 스토리상으로 마지막에 속한다.

슈퍼 메트로이드 이후, 사무스는 은하연방의 의뢰를 받아 다시 한 번 행성 SR388을 조사하기 위해 진입한다. 그곳에서 수수께끼의 생물 X에게 감염당하게 되고, 복귀하는 과정에서 신경중추를 잠식한 X의 활동이 점점 심해져 의식을 잃고 사무스가 탄 건쉽은 아스테로이드 벨트와 충돌하게 된다. 충돌 직전에 자동으로 사출된 탈출포트 덕분에 간신히 위험은 모면했으나 X의 감염으로 인해 사무스의 생명은 경각에 달리게 된다.

사무스가 대화하는 모습이 나온 최초의 작품이다.