게임보이 어드밴스로 등장한 두번째 메트로이드 시리즈 작품이자 초대 <메트로이드>의 리메이크 타이틀. 시리즈의 5번째 2D 횡스크롤 작품이다.

사무스 아란의 첫 번째 임무, 통칭 제로 미션의 이야기이다. 조인족이 창조해낸 기계생명체 마더 브레인이 우주해적과 손잡고 행성 제베스를 점령하자 은하연방은 사무스 아란을 투입한다. 그녀는 제베스에서 보낸 어린 시절의 경험을 바탕으로 제베스의 이곳저곳을 누비며 우주해적과 싸워나간다. 우주해적의 두 수장을 물리친 사무스는 결국 생체병기 메트로이드와 마더 브레인까지 섬멸한다.

마더 브레인을 격파하고 제베스를 떠나던 사무스는 우주에서 대기중이던 우주해적 선단의 공격을 받고 다시 제베스로 불시착하게 된다. 추락의 충격으로 건십을 잃고 일시적으로 능력까지 이용할 수 없게된 사무스는 그녀를 추격하는 우주해적의 시선을 피해 해적 모함에 잠입하여 탈출할 방법을 모색한다.